PCR儀對于樣品溫度控制的能力對于PCR結果的準確性十分重要。儀器特異性的參數如升降溫速度，維持時(shí)間以及算法對于預測樣品溫度是關(guān)鍵。

　　PCR儀的升降溫速度意味著(zhù)在一定時(shí)間內發(fā)生的PCR步驟之間的溫度變化。由于熱量從模塊傳輸至樣品需要一定的時(shí)間，樣品實(shí)際的升降溫速度會(huì )較慢。因此，對于變溫速度的定義需要進(jìn)行區分和了解。

　　最大或峰值模塊升降溫速度代表在進(jìn)行升降溫過(guò)程中非常小的一段時(shí)間內模塊可以達到的最快溫度變化。

　　平均模塊升降溫速度代表在一段更長(cháng)的時(shí)間內溫度變化的速度，對于PCR儀的速度會(huì )提供一種更具代表性的測量。

　　最大樣品升降溫速度及平均樣品升降溫速度反映的是樣品實(shí)際獲得的溫度。樣品升降溫速度會(huì )為PCR儀的性能以及其對于PCR結果的潛在影響提供一種更為準確的比較。

　　當進(jìn)行PCR儀更換時(shí)，推薦使用帶有可模擬之前模式升降溫速度程序的儀器以實(shí)現更為簡(jiǎn)易的更換并對PCR的重復性產(chǎn)生最小的影響。

　　PCR儀應該被設計成只有樣品達到設置的溫度后才對相應的步驟開(kāi)始計時(shí)。這樣樣品維持在設定溫度的時(shí)間，將會(huì )與操作流程中要求的相應循環(huán)條件保持得更加準確。

　　PCR儀通常會(huì )使用復雜的數學(xué)算法來(lái)確保樣品可按照預設程序快速地達到設置的溫度。根據反應體系的體積以及所使用的PCR塑料耗材的厚度，算法可對樣品的溫度以及達到設置溫度所需的時(shí)間進(jìn)行預測。依靠這些算法，PCR儀在加熱或冷卻的過(guò)程中，通常會(huì )通過(guò)一個(gè)叫做熱模塊過(guò)沖或下沖的過(guò)程讓模塊溫度超出設定值。這樣的設置可以確保樣品盡快達到設定的溫度，而自身不會(huì )發(fā)生過(guò)沖或下沖。